U vrijeme pružanja otpora okupaciji 1879. godine, oštećena je i Careva džamija. Već naredne godine ona je temeljito obnovljena, a kasnijim rušenjem objekata šehidijine biblioteke na tom prostoru se 1911. godine, podiže nova zgrada za ulema-medžlis tačno u osovini postojeće džamije. Arkadama je spojena sa trijemom džamije formirajući dobro dimenzionirano unutarnje dvorište. Zgrada ulema-medžlisa se nalazi na višem nivou u odnosu na džamiju zbog regulacije Miljacke. Ulema-medžlis predstavlja rezidenciju reis-ul-uleme.
Projektant Karlo Paržik novim objektom interpretira duh zatečenih oblika osmansko-turske arhitekture. Njegova interpretacija puno je bliža istini od ranijeg “maurskog” stila koji je bio izraz pretjerane generalizacije “orijentalnog” i “islamskog”.